“第一条线，年前那个耐盐碱水稻的课题，核心论文发了，但后续还有一些收尾工作。中科院遗传所那边已经拿到了第一批秈稻的转化材料，我们需要配合他们做几组功能验证。这部分工作量不大，但数据质量要保证。李鑫，这一块还是你负责，有问题吗？”
顾明教授將目光望向了旁边的李鑫。
“没问题。”李鑫回答得很乾脆。
“第二条线，我跟赵阳討论之后，决定开一个新方向。”
顾明翻开笔记本的另一页。
“这次不搞简单的功能验证了，我们试著把组学分析和网络建模引入进来。就是利用我们已有的转录组数据，构建水稻耐盐性相关的共表达基因调控网络，找到核心调控模块，然后对这些模块进行生物学功能验证。”
他说完看了赵阳一眼。赵阳站起来走到白板前，拿起马克笔在上面画了一个简单的调控网络逻辑图。
他先从技术角度解释了一下怎么用加权基因共表达网络分析来筛选候选调控模块，然后把这些模块映射到已经验证过的几个关键转录因子上，最后在nac家族转录因子的位置上圈了一下，说这可能是整个调控网络里的一个核心枢纽节点。
李鑫看完举手问了个问题：“这个网络的可靠性怎么验证？光靠统计模型算出来的相关性，在生物学上不一定有意义。”
“对。”
赵阳在节点和连线之间又画了几条虚线。
“所以网络只是第一步，给我们一个缩小范围的方向。筛选出候选模块之后，还是要回到实验台上来做功能验证。这次可以尝试用基因沉默和过表达两种手段同时验证。如果某个模块的核心基因被沉默之后耐盐性明显下降，或者过表达之后耐盐性提升，就能確认它在调控网络中的地位。”
李鑫若有所思地点了点头。旁边几个研二的学生也纷纷在笔记本上记了几笔。顾明看大家对这个课题都有兴趣，便开始分配具体任务。
“网络构建和分析这部分，由赵阳来主导。顾青辅助，主要负责数据清洗和可视化。功能验证部分，李鑫你的经验比较丰富，带两个师弟师妹来做。引物设计和载体构建这块，周婷负责。每个小组每周至少给我匯报一次进展，具体时间你们自己商量定。”
组会结束后，大家三三两两散开，各自回实验台准备新学期的工作。赵阳把白板上画的那几个草图拍了下来，存进手机里，准备回去之后整理成一份更完整的实验方案发给组里。
他现在主要精力还是放在生物实验上。p vs np问题那边的进展几乎为零，他之前花了两周时间高强度推演，换了几个切入角度，都没找到能突破的方向。
后来他又抽空看了其他几个千禧年问题的相关文献，杨-米尔斯存在性与质量间隙、黎曼猜想、纳维-斯托克斯方程的存在性与光滑性，全都过了一遍。看完之后的结论很简单：难度和p vs np问题差不多，甚至更难。换问题没有意义。
那就不换了。赵阳的想法很直接，先把生物学提升到lv5，智力再往上涨一截，然后再回过头来啃p vs np这块硬骨头。如果生物学升级之后还是不够，那就再把语言学也拉上去。一级一级升，总有一个节点会让大脑的算力突破某个临界点。磨刀不误砍柴工，他在这上面一点都不著急。
“在想什么呢？”
顾青不知道什么时候走到了赵阳的实验台旁边。她手里拿著一份刚列印出来的引物合成清单，应该是刚从周婷那边拿过来的。
“在想实验的事。”赵阳把白板照片关掉，转过身来。
“新课题的网络分析部分，你打算用什么软体做？还是自己写脚本？”
“自己写吧。现成的wgcna包有些参数不能调，用起来不够灵活。我周末先把数据清洗的脚本写出来，到时候发你一份，你看看可视化那边用什么工具比较方便。”
顾青点了点头。她在赵阳旁边的椅子上坐下来，把那份引物清单放在桌上。
“晚上一起吃饭？好久没出去吃了。”
赵阳看了她一眼。顾青说这话的时候语气很自然，不像以前约他时那种小心翼翼的试探。从去年年底看完那场电影、在公寓门口確认关係之后，顾青整个人放鬆了不少。以前约赵阳吃饭，她会提前好几天发消息，措辞反覆斟酌，见面的时候还会有一点紧张。现在完全不一样了。
“行。吃什么？”
“南门外面那家烧烤。就我们第一次出去吃饭的地方。”
下午的实验结束得比平时早一些。赵阳把最后一批样品放进冰箱，脱了白大褂，跟顾青一起出了实验楼。三月的燕京晚上还有点凉，顾青把手揣在风衣口袋里，两个人沿著学校南门外面那条巷子往里走。
烧烤摊的位置没变，还是那个简陋的彩条布棚子，门口摆著几套塑料桌椅，炭火炉子上腾起来的烟被风吹得歪歪扭扭的。
顾青找了个靠边的位置坐下，赵阳去冰柜前挑了十几串牛肉、几串鸡翅、一份烤茄子和两份烤馒头片。
东西上得很快。赵阳倒了两杯茶，顾青拿起来喝了一口，然后就开始说话。她说起这大半年来实验室里发生的事情，说到李鑫第一次独立跑量pcr的时候把引物顺序搞反了，跑出来的胶图跟毕卡索的画一样抽象，顾明在组会上盯著那张胶图看了半天，最后只问了一句“你这是跑胶还是搞艺术”。
说到这个顾青笑了一下。她又说起暑假的时候顾明让她尝试带一个刚进实验室的本科生入门，结果那个本科生第一次用移液枪就把枪头直接崩进了离心管里。她手把手教了两周，最后还是放弃让他碰任何仪器，只让他帮忙配培养基。
赵阳听著，也说了几句自己这段时间在做的事。两个人就这么边吃边聊，炭火在脚边烧得噼里啪啦响，烤肉的油滴到炭上腾起一小股白烟，被风吹散了。
顾明教授將目光望向了旁边的李鑫。
“没问题。”李鑫回答得很乾脆。
“第二条线，我跟赵阳討论之后，决定开一个新方向。”
顾明翻开笔记本的另一页。
“这次不搞简单的功能验证了，我们试著把组学分析和网络建模引入进来。就是利用我们已有的转录组数据，构建水稻耐盐性相关的共表达基因调控网络，找到核心调控模块，然后对这些模块进行生物学功能验证。”
他说完看了赵阳一眼。赵阳站起来走到白板前，拿起马克笔在上面画了一个简单的调控网络逻辑图。
他先从技术角度解释了一下怎么用加权基因共表达网络分析来筛选候选调控模块，然后把这些模块映射到已经验证过的几个关键转录因子上，最后在nac家族转录因子的位置上圈了一下，说这可能是整个调控网络里的一个核心枢纽节点。
李鑫看完举手问了个问题：“这个网络的可靠性怎么验证？光靠统计模型算出来的相关性，在生物学上不一定有意义。”
“对。”
赵阳在节点和连线之间又画了几条虚线。
“所以网络只是第一步，给我们一个缩小范围的方向。筛选出候选模块之后，还是要回到实验台上来做功能验证。这次可以尝试用基因沉默和过表达两种手段同时验证。如果某个模块的核心基因被沉默之后耐盐性明显下降，或者过表达之后耐盐性提升，就能確认它在调控网络中的地位。”
李鑫若有所思地点了点头。旁边几个研二的学生也纷纷在笔记本上记了几笔。顾明看大家对这个课题都有兴趣，便开始分配具体任务。
“网络构建和分析这部分，由赵阳来主导。顾青辅助，主要负责数据清洗和可视化。功能验证部分，李鑫你的经验比较丰富，带两个师弟师妹来做。引物设计和载体构建这块，周婷负责。每个小组每周至少给我匯报一次进展，具体时间你们自己商量定。”
组会结束后，大家三三两两散开，各自回实验台准备新学期的工作。赵阳把白板上画的那几个草图拍了下来，存进手机里，准备回去之后整理成一份更完整的实验方案发给组里。
他现在主要精力还是放在生物实验上。p vs np问题那边的进展几乎为零，他之前花了两周时间高强度推演，换了几个切入角度，都没找到能突破的方向。
后来他又抽空看了其他几个千禧年问题的相关文献，杨-米尔斯存在性与质量间隙、黎曼猜想、纳维-斯托克斯方程的存在性与光滑性，全都过了一遍。看完之后的结论很简单：难度和p vs np问题差不多，甚至更难。换问题没有意义。
那就不换了。赵阳的想法很直接，先把生物学提升到lv5，智力再往上涨一截，然后再回过头来啃p vs np这块硬骨头。如果生物学升级之后还是不够，那就再把语言学也拉上去。一级一级升，总有一个节点会让大脑的算力突破某个临界点。磨刀不误砍柴工，他在这上面一点都不著急。
“在想什么呢？”
顾青不知道什么时候走到了赵阳的实验台旁边。她手里拿著一份刚列印出来的引物合成清单，应该是刚从周婷那边拿过来的。
“在想实验的事。”赵阳把白板照片关掉，转过身来。
“新课题的网络分析部分，你打算用什么软体做？还是自己写脚本？”
“自己写吧。现成的wgcna包有些参数不能调，用起来不够灵活。我周末先把数据清洗的脚本写出来，到时候发你一份，你看看可视化那边用什么工具比较方便。”
顾青点了点头。她在赵阳旁边的椅子上坐下来，把那份引物清单放在桌上。
“晚上一起吃饭？好久没出去吃了。”
赵阳看了她一眼。顾青说这话的时候语气很自然，不像以前约他时那种小心翼翼的试探。从去年年底看完那场电影、在公寓门口確认关係之后，顾青整个人放鬆了不少。以前约赵阳吃饭，她会提前好几天发消息，措辞反覆斟酌，见面的时候还会有一点紧张。现在完全不一样了。
“行。吃什么？”
“南门外面那家烧烤。就我们第一次出去吃饭的地方。”
下午的实验结束得比平时早一些。赵阳把最后一批样品放进冰箱，脱了白大褂，跟顾青一起出了实验楼。三月的燕京晚上还有点凉，顾青把手揣在风衣口袋里，两个人沿著学校南门外面那条巷子往里走。
烧烤摊的位置没变，还是那个简陋的彩条布棚子，门口摆著几套塑料桌椅，炭火炉子上腾起来的烟被风吹得歪歪扭扭的。
顾青找了个靠边的位置坐下，赵阳去冰柜前挑了十几串牛肉、几串鸡翅、一份烤茄子和两份烤馒头片。
东西上得很快。赵阳倒了两杯茶，顾青拿起来喝了一口，然后就开始说话。她说起这大半年来实验室里发生的事情，说到李鑫第一次独立跑量pcr的时候把引物顺序搞反了，跑出来的胶图跟毕卡索的画一样抽象，顾明在组会上盯著那张胶图看了半天，最后只问了一句“你这是跑胶还是搞艺术”。
说到这个顾青笑了一下。她又说起暑假的时候顾明让她尝试带一个刚进实验室的本科生入门，结果那个本科生第一次用移液枪就把枪头直接崩进了离心管里。她手把手教了两周，最后还是放弃让他碰任何仪器，只让他帮忙配培养基。
赵阳听著，也说了几句自己这段时间在做的事。两个人就这么边吃边聊，炭火在脚边烧得噼里啪啦响，烤肉的油滴到炭上腾起一小股白烟，被风吹散了。